Mẫu Tờ khai phí, lệ phí Thông tư 89/2026/TT-BTC: Hướng dẫn chi tiết từ luật sư

Kể từ ngày 01/07/2026, việc kê khai phí và lệ phí được thực hiện theo các mẫu biểu hoàn toàn mới được ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Nhiều doanh nghiệp và tổ chức thu phí vẫn còn băn khoăn về cách sử dụng hai mẫu tờ khai chính là Mẫu 01/PH (Tờ khai phí) và Mẫu 01/LP (Tờ khai lệ phí), cũng như những thay đổi về thời hạn nộp hồ sơ. Trong bài viết này, chúng tôi sẽ phân tích rõ ràng, chi tiết từng trường mục của mẫu biểu và các quy định pháp lý liên quan, giúp quý khách hàng thực hiện nghĩa vụ thuế một cách chính xác và đúng hạn.

Mẫu Tờ khai phí (Mẫu số 01/PH) theo Thông tư 89/2026/TT-BTC gồm những gì?

Theo quy định tại Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính, mẫu Tờ khai phí số 01/PH được sử dụng thống nhất trên toàn quốc. Đây là mẫu biểu quan trọng mà các tổ chức, cá nhân có hoạt động thu phí phải sử dụng để kê khai với cơ quan thuế.

Cấu trúc của mẫu tờ khai này bao gồm các phần chính sau:

1. Phần thông tin chung: Kỳ tính thuế (tháng/quý/khoảng thời gian cụ thể), thông tin người nộp thuế (mã số thuế, tên tổ chức/cá nhân). Mục [06], [07], [08] dành cho các trường hợp sử dụng dịch vụ làm thủ tục về thuế.
2. Phần I – Đối với kê khai phí: Bảng chi tiết các loại phí thu được, số tiền, tỷ lệ trích để lại theo chế độ và số tiền phải nộp Ngân sách Nhà nước (NSNN). Công thức tính: Số tiền phí phải nộp NSNN = Số tiền phí thu được – Số tiền phí trích để lại (cột 7 = cột 4 – cột 6).
3. Phần II – Đối với khai quyết toán phí: Bảng quyết toán cuối năm, so sánh số liệu giữa quyết toán và số đã kê khai trong kỳ để xác định chênh lệch (cột 9 = cột 7 – cột 8).
4. Phần cam đoan và ký tên: Người nộp thuế hoặc đại diện hợp pháp ký, ghi rõ họ tên, chức vụ và đóng dấu (nếu có). Nếu sử dụng dịch vụ làm thủ tục về thuế, phải ghi rõ họ tên và số chứng chỉ hành nghề của người thực hiện.

Tình huống thực tế khi kê khai phí

Một trung tâm đăng kiểm xe cơ giới tại TP.HCM là tổ chức thu phí sử dụng đường bộ. Hàng tháng, kế toán của trung tâm sử dụng Mẫu 01/PH, phần I để kê khai tổng số phí thu được từ việc đăng kiểm. Ví dụ, tháng 8/2026, trung tâm thu được 200 triệu đồng tiền phí. Theo quy định, tỷ lệ trích để lại là 20% (tương đương 40 triệu đồng). Như vậy, số tiền phải nộp NSNN sẽ là 160 triệu đồng. Đến cuối năm, trung tâm sẽ sử dụng Phần II của mẫu để quyết toán tổng số phí thu được trong cả năm.

Mẫu Tờ khai lệ phí (Mẫu số 01/LP) theo Thông tư 89/2026/TT-BTC có điểm gì khác biệt?

Cũng được ban hành kèm theo Phụ lục I của Thông tư 89/2026/TT-BTC, Mẫu số 01/LP (Tờ khai lệ phí) có sự khác biệt rõ rệt so với mẫu tờ khai phí. Sự khác biệt này xuất phát từ bản chất của “lệ phí” – khoản tiền mà tổ chức, cá nhân phải nộp khi được cơ quan nhà nước hoặc tổ chức được ủy quyền phục vụ công việc quản lý nhà nước.

Điểm khác biệt chính:

• Không có phần quyết toán: Mẫu 01/LP chỉ có một bảng kê khai duy nhất, không bao gồm phần II “Khai quyết toán phí” như mẫu 01/PH.
• Cấu trúc bảng đơn giản hơn: Bảng chỉ có 4 cột (STT, Loại lệ phí, Đơn vị tiền, Số tiền lệ phí phải nộp NSNN). Không có các cột về tỷ lệ trích để lại hay số tiền thu được vì về bản chất, lệ phí được nộp toàn bộ vào NSNN.
• Kỳ khai thuế: Mẫu 01/LP chỉ ghi nhận kỳ tính thuế theo tháng, không có lựa chọn khai theo quý như mẫu 01/PH.

Theo đánh giá của các chuyên gia pháp lý, việc tách bạch hai mẫu tờ khai này giúp cơ quan thuế dễ dàng quản lý và đối chiếu số liệu, đồng thời giảm tải thủ tục hành chính cho các tổ chức chỉ thu lệ phí đơn thuần.

Quy định về kỳ khai, hồ sơ và thời hạn nộp phí, lệ phí theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Căn cứ pháp lý quan trọng nhất về vấn đề này được quy định tại khoản 3 Điều 26 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Chúng tôi xin tóm tắt các quy định cụ thể như sau:

Kỳ khai phí, lệ phí được phân loại như thế nào?

• Khai theo quý: Áp dụng cho phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp và phí bảo vệ môi trường đối với khí thải.
• Khai theo quy định riêng tại Điều 28: Áp dụng cho các khoản phí, lệ phí do cơ quan đại diện nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam ở nước ngoài thực hiện thu.
• Khai theo tháng: Áp dụng cho tất cả các khoản phí, lệ phí còn lại.
• Không phải nộp hồ sơ khai: Các trường hợp được pháp luật về phí, lệ phí quy định miễn nộp hồ sơ khai phí, lệ phí.

Trách nhiệm của tổ chức thu phí, lệ phí

Theo quy định, tổ chức thu phí có trách nhiệm thực hiện quyết toán số phí thu được theo năm. Hồ sơ khai phí, lệ phí và hồ sơ khai quyết toán phí được thực hiện theo quy định tại điểm 11 Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư này.

Về cơ quan quản lý, tổ chức thu phí, lệ phí phải kê khai và nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Đáng chú ý, đối với phí sử dụng đường bộ thu qua đầu phương tiện đối với xe ô tô (trừ xe ô tô của lực lượng quân đội, công an), Cục Đăng kiểm Việt Nam sẽ là đơn vị chịu trách nhiệm khai, nộp và quyết toán khoản phí này.

Thời hạn nộp hồ sơ

Thời hạn nộp hồ sơ khai phí, lệ phí và hồ sơ quyết toán phí theo năm được thực hiện theo quy định tại Điều 10 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP của Chính phủ. Quý khách hàng cần lưu ý theo dõi văn bản này để nắm rõ thời hạn cụ thể, tránh bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế do chậm nộp hồ sơ.

“Việc nắm vững các mẫu biểu mới và quy định về thời hạn kê khai là yếu tố then chốt để doanh nghiệp tránh được các rủi ro pháp lý không đáng có. Chúng tôi khuyến nghị các tổ chức thu phí, lệ phí nên rà soát lại quy trình kế toán nội bộ để đảm bảo tuân thủ đúng Thông tư 89/2026/TT-BTC ngay từ khi văn bản có hiệu lực.” – Luật sư Nguyễn Đức Hùng, chuyên gia tư vấn thuế tại LuatVietnam.

Tình huống thực tế về kỳ khai thuế

Một doanh nghiệp sản xuất tại Khu công nghiệp Biên Hòa có hoạt động xả nước thải công nghiệp. Theo quy định mới, doanh nghiệp này phải kê khai phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp theo quý, sử dụng Mẫu 01/PH. Trong khi đó, cùng doanh nghiệp này nếu có hoạt động thu lệ phí (ví dụ như lệ phí cấp giấy phép môi trường) thì khoản lệ phí này phải được kê khai theo tháng bằng Mẫu 01/LP. Việc xác định đúng kỳ kê khai sẽ giúp doanh nghiệp tránh bị phạt do khai sai thời hạn.

Lời khuyên từ luật sư về việc kê khai phí, lệ phí theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Để đảm bảo tuân thủ đúng các quy định mới, quý khách hàng cần lưu ý một số điểm quan trọng sau:

1. Xác định đúng loại mẫu biểu: Phân biệt rõ ràng giữa “phí” (dùng mẫu 01/PH) và “lệ phí” (dùng mẫu 01/LP). Việc sử dụng nhầm mẫu có thể bị coi là khai sai hồ sơ thuế.
2. Xác định chính xác kỳ kê khai: Nắm rõ khoản phí/lệ phí của mình thuộc nhóm khai theo tháng hay theo quý để tránh vi phạm thời hạn.
3. Chuẩn bị hồ sơ đầy đủ: Hồ sơ khai phí, lệ phí phải tuân thủ quy định tại điểm 11 Phụ lục I của Thông tư 89/2026/TT-BTC. Thiếu bất kỳ giấy tờ nào cũng có thể bị từ chối tiếp nhận.
4. Cập nhật thông tin về Nghị định 252/2026/NĐ-CP: Thời hạn nộp hồ sơ được dẫn chiếu sang văn bản này, do đó cần theo dõi và nắm rõ các quy định liên quan.
5. Lưu ý quyết toán phí cuối năm: Các tổ chức thu phí bắt buộc phải thực hiện quyết toán phí theo năm, không chỉ dừng lại ở việc kê khai định kỳ.

Câu hỏi thường gặp

Trên đây là toàn bộ nội dung tư vấn của chúng tôi về Mẫu Tờ khai phí, lệ phí theo Thông tư 89/2026/TT-BTC. Nếu quý khách hàng còn bất kỳ thắc mắc nào hoặc cần hỗ trợ trong quá trình kê khai, vui lòng liên hệ với chúng tôi qua tổng đài 1900.6588 để được các luật sư tư vấn trực tiếp. Đối với các vấn đề phức tạp cần sử dụng dịch vụ pháp lý chuyên sâu, vui lòng gọi 090 222 9061 (dịch vụ có phí) để được hỗ trợ kịp thời.