Thông tư 94/2026/TT-BTC: 3 điểm mới về quản lý rủi ro thuế doanh nghiệp cần biết

Quý khách hàng và bạn đọc thân mến,

Việc cơ quan thuế áp dụng quản lý rủi ro không còn là khái niệm xa lạ với doanh nghiệp. Tuy nhiên, với sự ra đời của Thông tư 94/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành, cách thức phân loại, đánh giá và xử lý rủi ro đã có những thay đổi quan trọng, ảnh hưởng trực tiếp đến quyền lợi và nghĩa vụ của người nộp thuế.

Trong bài viết này, chúng tôi sẽ phân tích chi tiết 3 điểm mới nổi bật nhất của Thông tư 94/2026/TT-BTC, giúp doanh nghiệp chủ động điều chỉnh hoạt động tuân thủ, tránh bị xếp vào nhóm “rủi ro cao” và bị kiểm tra, thanh tra thường xuyên.

1. Nguồn dữ liệu phục vụ đánh giá rủi ro được bổ sung những gì?

Theo quy định cũ tại Điều 7 Thông tư 31/2021/TT-BTC, nguồn thông tin phục vụ quản lý rủi ro chỉ giới hạn ở dữ liệu đăng ký kinh doanh, tình hình nộp thuế, nợ thuế, ưu đãi thuế…

Điểm mới của Thông tư 94/2026/TT-BTC là việc bổ sung hai nguồn dữ liệu quan trọng, thể hiện sự siết chặt quản lý đối với các doanh nghiệp có cấu trúc phức tạp:

• Thông tin về quan hệ góp vốn, quan hệ liên kết: Đây là cơ sở để cơ quan thuế xác định các giao dịch liên kết, chuyển giá, một trong những rủi ro lớn nhất về thuế hiện nay.
• Thông tin về kết quả kiểm toán, điều tra và xử lý sau kiểm toán, điều tra: Nếu doanh nghiệp từng bị phát hiện sai phạm, việc này sẽ trở thành “tiền sử” để xếp hạng rủi ro cao hơn trong các lần đánh giá tiếp theo.

Theo đánh giá của các chuyên gia pháp lý tại LuatVietnam, việc bổ sung nguồn dữ liệu về quan hệ liên kết cho thấy cơ quan thuế đang hướng tới quản lý rủi ro dựa trên bản chất giao dịch, không chỉ dừng lại ở hồ sơ khai thuế thông thường. Các doanh nghiệp có giao dịch với bên liên kết cần đặc biệt lưu ý.

2. Quản lý rủi ro trong đăng ký thuế thay đổi thế nào?

Khoản 1 Điều 13 Thông tư 94/2026/TT-BTC đã thiết lập khung pháp lý rõ ràng về phân loại rủi ro thành ba mức: Rủi ro cao, rủi ro trung bình và rủi ro thấp. Từ khung này, các quy định cụ thể được áp dụng cho từng nghiệp vụ:

2.1. Thay đổi thông tin đăng ký thuế làm thay đổi cơ quan thuế quản lý

Điểm mới quan trọng là việc thu hẹp phạm vi kiểm tra đối với trường hợp rủi ro cao. Theo khoản 1 Điều 14 Thông tư 94/2026/TT-BTC, chỉ cơ quan thuế nơi chuyển đi thực hiện kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế, thay vì cả hai cơ quan thuế nơi chuyển đi và nơi chuyển đến phối hợp kiểm tra như quy định cũ tại khoản 1 Điều 16 Thông tư 31/2021/TT-BTC.

Ý nghĩa thực tiễn: Quy trình kiểm tra được rút gọn đầu mối, giúp giảm phiền hà cho doanh nghiệp nhưng vẫn đảm bảo kiểm soát chặt chẽ với nhóm rủi ro cao.

2.2. Khôi phục mã số thuế

Thông tư 94/2026/TT-BTC lần đầu tiên bổ sung quy định áp dụng quản lý rủi ro đối với nghiệp vụ khôi phục mã số thuế. Cụ thể:

• Rủi ro cao: Bắt buộc phải rà soát, kiểm tra trước khi khôi phục mã số thuế.
• Rủi ro trung bình và thấp: Được khôi phục theo quy định thông thường, không phát sinh thêm thủ tục kiểm tra.

2.3. Chấm dứt hiệu lực mã số thuế

Khoản 3 Điều 14 Thông tư 94/2026/TT-BTC đã thay đổi cách thức quản lý rủi ro khi doanh nghiệp giải thể, phá sản hoặc ngừng hoạt động:

• Rủi ro cao: Thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
• Rủi ro trung bình, rủi ro thấp: Chỉ áp dụng biện pháp đôn đốc hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi giải thể, không phải kiểm tra trực tiếp.

So với quy định cũ ưu tiên thanh tra, kiểm tra quyết toán thuế tại trụ sở dựa trên xếp hạng rủi ro từ cao xuống thấp, quy định mới đã giảm tải đáng kể cho các doanh nghiệp được xếp loại rủi ro thấp, giúp đẩy nhanh thủ tục giải thể.

3. Quy định về hoàn thuế thay đổi ra sao?

Điều 16 Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định chi tiết việc phân loại giải quyết hồ sơ hoàn thuế dựa trên mức độ rủi ro:

3.1. Đối với hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng

• Rủi ro cao: Kiểm tra trước, hoàn thuế sau. Tuy nhiên, có 2 ngoại lệ quan trọng:
  • Hồ sơ được phân loại rủi ro cao bởi cùng một hoặc các dấu hiệu rủi ro tại nhóm tiêu chí không chấm điểm so với hồ sơ hoàn thuế liền kề trước đó.
  • Thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau nếu kỳ kiểm tra liền kề trước đó không phát hiện hành vi khai sai dẫn đến thiếu số tiền thuế phải nộp hoặc tăng số tiền thuế được hoàn.
• Rủi ro trung bình và rủi ro thấp:
  • Hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với số thuế đề nghị hoàn chưa phát hiện rủi ro.
  • Tạm dừng hoàn thuế để thu thập thông tin, kiểm tra nếu phát hiện dấu hiệu rủi ro.

3.2. Đối với hồ sơ hoàn thuế khác, khoản thu khác

• Rủi ro cao: Kiểm tra trước, hoàn thuế sau.
• Rủi ro trung bình, rủi ro thấp: Hoàn thuế trước, kiểm tra sau.

3.3. Thay đổi hình thức phân loại hồ sơ hoàn thuế

Thông tư 94/2026/TT-BTC quy định rõ cơ quan thuế được chuyển hồ sơ từ diện “hoàn thuế trước, kiểm tra sau” sang diện “kiểm tra trước, hoàn thuế sau” trong các trường hợp:

1. Sau khi ứng dụng phân loại hồ sơ hoàn thuế xác định rủi ro cao.
2. Trong quá trình giải quyết, cơ quan thuế thu thập thông tin, rà soát, kiểm tra xác định hồ sơ có dấu hiệu rủi ro cao.

Tình huống thực tế minh họa

Tình huống: Công ty TNHH ABC (Hà Nội) có 100% vốn góp từ công ty mẹ ở nước ngoài. Công ty đang làm thủ tục chuyển trụ sở từ Hà Nội vào TP.HCM.

Áp dụng quy định mới: Do có quan hệ góp vốn, liên kết với công ty mẹ nước ngoài, Công ty ABC sẽ được cơ quan thuế đưa vào diện đánh giá rủi ro cao hơn so với doanh nghiệp thông thường. Khi chuyển trụ sở, Công ty ABC sẽ bị Cục Thuế Hà Nội (nơi chuyển đi) kiểm tra tại trụ sở, sau đó mới hoàn tất thủ tục chuyển đi. Việc này giúp doanh nghiệp chủ động chuẩn bị hồ sơ, chứng từ sạch sẽ từ đầu để rút ngắn thời gian kiểm tra.

Lưu ý về thời hạn áp dụng các văn bản liên quan

Thông tư 94/2026/TT-BTC cũng ghi nhận việc gia hạn thời hạn áp dụng một số chính sách quan trọng:

• Kéo dài đến hết ngày 30/9/2026: Thời hạn áp dụng Nghị quyết số 25/2026/NQ-CP và Nghị định 72/2026/NĐ-CP.
• Kéo dài đến hết ngày 30/9/2026: Thời hạn áp dụng Nghị quyết số 19/2026/QH16 đối với thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng.

Lời khuyên từ luật sư

Dựa trên những thay đổi của Thông tư 94/2026/TT-BTC, chúng tôi khuyến nghị doanh nghiệp thực hiện các biện pháp sau để giảm thiểu rủi ro bị xếp loại “rủi ro cao”:

1. Rà soát hồ sơ pháp lý về quan hệ liên kết: Đảm bảo hồ sơ chuyển giá (hồ sơ xác định giá giao dịch liên kết) được lập đầy đủ, chính xác theo quy định tại Nghị định 132/2020/NĐ-CP, tránh bị cơ quan thuế xác định dấu hiệu rủi ro.
2. Theo dõi “lịch sử” vi phạm: Nếu doanh nghiệp từng bị xử phạt vi phạm hành chính về thuế, cần chuẩn bị phương án giải trình, khắc phục vì thông tin này sẽ được sử dụng để xếp hạng rủi ro trong các kỳ đánh giá tiếp theo.
3. Chủ động kê khai, nộp thuế đúng hạn: Tình trạng nợ thuế, chậm nộp là một trong những tiêu chí quan trọng nhất để phân loại rủi ro. Đặc biệt, khi có nhu cầu giải thể hoặc khôi phục mã số thuế, doanh nghiệp rủi ro cao sẽ bị kiểm tra trực tiếp tại trụ sở.
4. Theo dõi sát hồ sơ hoàn thuế: Doanh nghiệp nên nộp hồ sơ hoàn thuế online sớm và chuẩn bị đầy đủ chứng từ để tránh bị tạm dừng giải quyết do nghi ngờ rủi ro.

Trên đây là toàn bộ phân tích của chúng tôi về những điểm mới của Thông tư 94/2026/TT-BTC về quản lý rủi ro trong quản lý thuế. Nếu quý khách hàng còn bất kỳ thắc mắc nào hoặc cần hỗ trợ pháp lý chi tiết, vui lòng liên hệ với chúng tôi qua tổng đài 1900.6588 hoặc sử dụng dịch vụ tư vấn luật sư trực tuyến qua số 090 222 9061 để được hỗ trợ nhanh nhất.

Bài viết mang tính chất tham khảo, quý khách nên tham vấn luật sư trước khi áp dụng vào tình huống cụ thể.