Hướng dẫn hồ sơ khôi phục mã số thuế 2026 chi tiết nhất theo Thông tư 90/2026/TT-BTC

Việc mã số thuế bị chấm dứt hiệu lực hoặc bị thông báo không hoạt động tại địa chỉ đăng ký có thể gây ra nhiều hệ lụy nghiêm trọng cho hoạt động kinh doanh của bạn. Tuy nhiên, pháp luật hiện hành đã quy định rõ ràng về quy trình và hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế, giúp người nộp thuế có thể khôi phục lại tình trạng hoạt động bình thường. Trong bài viết này, chúng tôi sẽ cung cấp hướng dẫn chi tiết nhất về hồ sơ khôi phục mã số thuế theo Thông tư 90/2026/TT-BTC, có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Những trường hợp nào được khôi phục mã số thuế theo Thông tư 90/2026/TT-BTC?

Căn cứ theo khoản 1 Điều 17 Thông tư 90/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành, các trường hợp đề nghị khôi phục mã số thuế được chia thành 2 nhóm chính như sau:

Nhóm 1: Người nộp thuế đăng ký thuế cùng với đăng ký kinh doanh (cơ chế một cửa liên thông)

Đối với người nộp thuế đăng ký thuế cùng với đăng ký kinh doanh theo cơ chế một cửa liên thông, mã số thuế được khôi phục trong các trường hợp sau:

• Trường hợp thứ nhất: Được khôi phục tình trạng pháp lý theo quy định của pháp luật về đăng ký kinh doanh. Khi đó, mã số thuế sẽ được khôi phục đồng thời mà không cần nộp hồ sơ riêng.
• Trường hợp thứ hai: Có hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế sau khi cơ quan thuế có thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký nhưng chưa bị thu hồi giấy phép và chưa bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
• Trường hợp thứ ba: Đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp, hợp tác xã có nhu cầu tiếp tục hoạt động kinh doanh sau khi đã có hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo khoản 5 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC gửi đến cơ quan thuế nhưng chưa nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh.

Nhóm 2: Người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế

Đối với người nộp thuế đăng ký thuế trực tiếp với cơ quan thuế, hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế được nộp đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong các trường hợp sau:

• Trường hợp thứ nhất: Được cơ quan có thẩm quyền có văn bản hủy bỏ văn bản thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động, quyết định thành lập hoặc giấy phép tương đương.
• Trường hợp thứ hai: Khi cơ quan thuế có thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký nhưng chưa bị thu hồi giấy phép và chưa bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế.
• Trường hợp thứ ba: Khi có nhu cầu tiếp tục hoạt động kinh doanh sau khi đã có hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế theo khoản 7 Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC gửi đến cơ quan thuế nhưng cơ quan thuế chưa ban hành thông báo chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Lưu ý quan trọng: Mã số thuế được tiếp tục sử dụng kể từ ngày có quyết định khôi phục tình trạng pháp lý của cơ quan đăng ký kinh doanh có hiệu lực hoặc kể từ ngày cơ quan thuế thông báo khôi phục mã số thuế.

Hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế gồm những giấy tờ gì?

Tùy thuộc vào từng trường hợp cụ thể, hồ sơ đề nghị khôi phục mã số thuế sẽ có thành phần khác nhau. Chúng tôi phân tích chi tiết 5 trường hợp dưới đây để quý khách dễ dàng đối chiếu với tình huống của mình.

Trường hợp 1: Văn bản thu hồi giấy phép đã được hủy bỏ

Người nộp thuế đã bị thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động hoặc giấy phép tương đương, đồng thời đã bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế, nhưng sau đó cơ quan có thẩm quyền hủy bỏ văn bản thu hồi. Hồ sơ cần chuẩn bị gồm:

• Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế theo Mẫu số 25/ĐKT ban hành kèm theo Thông tư 90/2026/TT-BTC;
• Bản sao văn bản của cơ quan có thẩm quyền về việc hủy bỏ văn bản thu hồi giấy phép thành lập và hoạt động hoặc giấy phép tương đương.

Thời hạn nộp hồ sơ: Hồ sơ phải được nộp đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan có thẩm quyền ban hành văn bản hủy bỏ văn bản thu hồi.

Trường hợp 2: Bị thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký

Nếu cơ quan thuế đã thông báo người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký nhưng người nộp thuế chưa bị thu hồi giấy phép và chưa bị chấm dứt hiệu lực mã số thuế, hồ sơ chỉ bao gồm:

• Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế theo Mẫu số 25/ĐKT.

Thời hạn nộp hồ sơ: Hồ sơ phải được gửi đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày cơ quan thuế ban hành thông báo chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Lưu ý đặc biệt: Trường hợp đã chuyển địa chỉ trụ sở nhưng chưa đăng ký thay đổi thông tin, người nộp thuế phải ghi địa chỉ trụ sở hiện tại, giải trình lý do trong văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế và nộp kèm hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế.

Trường hợp 3: Muốn tiếp tục hoạt động sau khi đã đề nghị chấm dứt mã số thuế

Người nộp thuế đã nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế nhưng cơ quan thuế chưa ban hành thông báo chấm dứt, nếu có nhu cầu tiếp tục hoạt động thì hồ sơ gồm:

• Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế theo Mẫu số 25/ĐKT;

Thời hạn nộp hồ sơ: Văn bản phải được nộp đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp trước ngày cơ quan thuế ban hành thông báo chấm dứt hiệu lực mã số thuế.

Trường hợp 4: Đơn vị phụ thuộc hủy quyết định chấm dứt hoạt động

Đơn vị phụ thuộc của doanh nghiệp hoặc hợp tác xã đã nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế, sau đó hủy quyết định chấm dứt hoạt động và chưa nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động đến cơ quan đăng ký kinh doanh thì hồ sơ gồm:

• Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế theo Mẫu số 25/ĐKT;
• Bản sao văn bản hủy quyết định chấm dứt hoạt động của đơn vị phụ thuộc.

Trường hợp 5: Được khôi phục tình trạng pháp lý

Đối với doanh nghiệp, hợp tác xã, tổ hợp tác và đơn vị phụ thuộc được khôi phục tình trạng pháp lý, hồ sơ khôi phục mã số thuế là thông tin do cơ quan đăng ký kinh doanh gửi cho cơ quan thuế qua hệ thống thông tin về đăng ký kinh doanh.

Người nộp thuế thông thường không phải trực tiếp nộp hồ sơ giấy trong trường hợp này. Tuy nhiên, nếu đang bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký thì sau khi được khôi phục tình trạng pháp lý, người nộp thuế vẫn phải nộp văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế theo Mẫu số 25/ĐKT đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Nghĩa vụ của người nộp thuế trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế

Căn cứ vào Điều 14 Thông tư 90/2026/TT-BTC của Bộ Tài chính, trước khi chấm dứt hiệu lực của mã số thuế, người nộp thuế phải hoàn thành các nghĩa vụ sau đây:

Thứ nhất, người nộp thuế phải hoàn thành nghĩa vụ về hóa đơn theo quy định của pháp luật. Việc này bao gồm việc hủy hoặc điều chỉnh các hóa đơn chưa sử dụng, đảm bảo tính chính xác và minh bạch của hệ thống hóa đơn.

Thứ hai, người nộp thuế phải hoàn thành nghĩa vụ nộp hồ sơ khai thuế, nộp thuế và xử lý số tiền thuế nộp thừa, số thuế giá trị gia tăng chưa được khấu trừ (nếu có) theo quy định của cơ quan thuế. Đáng chú ý, nghĩa vụ này bao gồm cả các nghĩa vụ thuế của đơn vị phụ thuộc, địa điểm kinh doanh và nghĩa vụ thuế theo mã số thuế nộp thay (nếu có).

Thứ ba, trong trường hợp đơn vị chủ quản có các đơn vị phụ thuộc thì toàn bộ các đơn vị phụ thuộc phải hoàn thành thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế trước khi chấm dứt hiệu lực mã số thuế của đơn vị chủ quản.

Tình huống thực tế thường gặp

Để giúp quý khách hình dung rõ hơn, chúng tôi xin đưa ra một số tình huống thực tế điển hình:

Tình huống 1: Công ty TNHH ABC đăng ký kinh doanh tại quận Cầu Giấy, Hà Nội nhưng đã chuyển trụ sở sang quận Nam Từ Liêm mà không cập nhật thông tin. Cơ quan thuế đã gửi thông báo công ty không hoạt động tại địa chỉ đăng ký. Trong trường hợp này, công ty cần nộp Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế theo Mẫu 25/ĐKT kèm giải trình lý do và hồ sơ thay đổi thông tin đăng ký thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Tình huống 2: Doanh nghiệp tư nhân XYZ đã nộp hồ sơ chấm dứt hiệu lực mã số thuế để giải thể nhưng sau đó thay đổi quyết định, muốn tiếp tục kinh doanh. Do cơ quan thuế chưa ban hành thông báo chấm dứt, doanh nghiệp chỉ cần nộp Văn bản đề nghị khôi phục mã số thuế trước ngày cơ quan thuế ban hành thông báo chấm dứt hiệu lực. Tuy nhiên, doanh nghiệp phải đảm bảo đã hoàn thành mọi nghĩa vụ thuế phát sinh.

Lời khuyên từ luật sư

Dựa trên kinh nghiệm tư vấn và hỗ trợ nhiều doanh nghiệp giải quyết các vấn đề liên quan đến mã số thuế, chúng tôi đưa ra những lời khuyên sau:

1. Luôn cập nhật thông tin đăng ký kinh doanh: Khi có bất kỳ thay đổi nào về địa chỉ trụ sở, người đại diện, ngành nghề kinh doanh, hãy nhanh chóng thực hiện thủ tục thay đổi để tránh bị cơ quan thuế thông báo không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký.
2. Ưu tiên thực hiện nghĩa vụ thuế đầy đủ, đúng hạn: Việc nợ thuế, chậm nộp hồ sơ khai thuế có thể là rào cản lớn khi muốn khôi phục mã số thuế. Hãy chủ động rà soát và hoàn thành mọi nghĩa vụ tài chính với ngân sách nhà nước.
3. Lưu giữ hồ sơ, giấy tờ pháp lý cẩn thận: Bản sao các văn bản hủy bỏ quyết định thu hồi giấy phép, quyết định chấm dứt hoạt động là thành phần bắt buộc trong hồ sơ khôi phục mã số thuế. Việc lưu trữ đầy đủ sẽ giúp quá trình khôi phục diễn ra thuận lợi.
4. Kiểm tra kỹ thời hạn nộp hồ sơ: Mỗi trường hợp có một thời hạn nộp hồ sơ khác nhau, việc chậm trễ có thể khiến doanh nghiệp rơi vào tình trạng khó khăn hơn. Hãy đặc biệt lưu ý mốc thời gian nêu trên.
5. Liên hệ cơ quan thuế khi có vướng mắc: Đừng ngần ngại liên hệ trực tiếp với cơ quan thuế quản lý để được hướng dẫn cụ thể, tránh tình trạng chuẩn bị sai hoặc thiếu hồ sơ, gây mất thời gian và công sức.

Câu hỏi thường gặp