Khai thuế hàng xuất nhập khẩu: Hướng dẫn chi tiết theo Thông tư 121/2025/TT-BTC mới nhất

Kính thưa quý khách hàng,

Việc nắm rõ quy định khai thuế đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu là yêu cầu cấp thiết đối với mọi doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực thương mại quốc tế. Thông tư số 121/2025/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành đã có hiệu lực, sửa đổi, bổ sung nhiều quy định quan trọng. Trong bài viết này, chúng tôi sẽ tư vấn chi tiết để quý khách hiểu rõ và thực hiện đúng nghĩa vụ thuế.

Khai thuế xuất nhập khẩu theo từng lần phát sinh là gì?

Theo quy định mới, khai thuế theo từng lần phát sinh đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu bao gồm các loại thuế sau:

• Thuế xuất khẩu
• Thuế nhập khẩu
• Thuế tự vệ
• Thuế chống bán phá giá
• Thuế chống trợ cấp
• Thuế tiêu thụ đặc biệt
• Thuế bảo vệ môi trường
• Thuế giá trị gia tăng

Việc khai thuế, khai bổ sung, thời hạn nộp hồ sơ, các chỉ tiêu thông tin và tỷ giá tính thuế được thực hiện theo quy định của pháp luật về hải quan, cụ thể là theo quy định tại Luật Hải quan số 54/2014/QH13 và các văn bản hướng dẫn.

Trường hợp nào không phải khai thuế theo từng lần phát sinh?

Thông tư nêu rõ các trường hợp không phải khai thuế theo từng lần phát sinh, bao gồm:

1. Mặt hàng điện năng xuất khẩu, nhập khẩu; hàng hóa bán trong khu vực cách ly tại các sân bay quốc tế (trừ hàng hóa đưa vào bán tại cửa hàng miễn thuế theo Nghị định số 100/2020/NĐ-CP); hàng hóa cung cấp cho hành khách trên các chuyến bay tuyến quốc tế; xăng, dầu cung ứng cho tàu bay xuất cảnh (theo khoản 1 Điều 93 Thông tư số 38/2015/TT-BTC).
2. Các trường hợp mua, bán, gia công, thuê, mượn, giao nhận hàng hóa giữa doanh nghiệp ưu tiên và đối tác (theo điểm c khoản 3 Điều 75, khoản 6 Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 46, khoản 53 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC).
3. Các trường hợp khác theo quy định của pháp luật về hải quan.

Hồ sơ khai thuế hàng xuất nhập khẩu gồm những gì?

Theo quy định, hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu chính là hồ sơ hải quan theo quy định của Luật Hải quan số 54/2014/QH13 và các văn bản hướng dẫn. Hồ sơ này được nộp cho cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai hải quan.

Hình thức nộp hồ sơ: Có 2 hình thức chính:

• Nộp hồ sơ điện tử: Người nộp thuế khai đầy đủ, chính xác các thông tin trên tờ khai hải quan và các chứng từ liên quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan. Trường hợp chưa khai báo được chỉ tiêu thông tin theo Phụ lục II Thông tư này, người nộp thuế nộp bản chụp được ký số các chứng từ qua hệ thống.
• Nộp hồ sơ giấy: Người nộp thuế nộp trực tiếp hoặc qua đường bưu chính cho cơ quan hải quan. Với chứng từ không yêu cầu bản chính, người nộp thuế được nộp bản chụp.

Trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan hải quan

Trách nhiệm của người nộp thuế

• Khai chính xác, trung thực, đầy đủ các nội dung trong hồ sơ khai thuế.
• Chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của nội dung đã khai và các chứng từ, hồ sơ, tài liệu đã nộp, cung cấp cho cơ quan hải quan.
• Đảm bảo tính thống nhất nội dung thông tin, dữ liệu, tài liệu, chứng từ giữa hồ sơ lưu tại doanh nghiệp với hồ sơ gửi cơ quan hải quan.

Trách nhiệm của cơ quan hải quan

• Tiếp nhận, xử lý hồ sơ khai thuế qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan hoặc hồ sơ giấy.
• Khi kiểm tra hồ sơ, căn cứ vào thông tin trên tờ khai và các chứng từ liên quan để xác định nghĩa vụ thuế.
• Sử dụng thông tin từ Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công trực tuyến, Cổng thông tin một cửa ASEAN và các hệ thống khác để kiểm tra, đối chiếu và lưu trữ.

Theo đánh giá của các chuyên gia pháp lý: Việc chuyển đổi sang hệ thống điện tử và kết nối liên thông dữ liệu là bước tiến lớn, giúp giảm thời gian thông quan hàng hóa và tăng tính minh bạch trong quản lý thuế xuất nhập khẩu. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý đến trách nhiệm về tính chính xác của dữ liệu, vì mọi sai sót đều có thể dẫn đến bị xử phạt hành chính.

Khai thuế qua nền tảng thương mại điện tử

Thông tư cũng quy định chi tiết về khai thuế, nộp thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu qua nền tảng thương mại điện tử, nền tảng số khác. Việc này thực hiện theo quy định tại Điều 5 Nghị định số 08/2015/NĐ-CP được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 2 Điều 1 Nghị định số 167/2025/NĐ-CP và các thông tư hướng dẫn liên quan.

Đáng chú ý, nếu các chứng từ trong hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa, gia hạn nộp thuế… đã có trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công quốc gia hoặc các hệ thống dữ liệu quốc gia được chia sẻ, kết nối với cơ quan hải quan, thì người nộp thuế không phải nộp các chứng từ đó cho cơ quan hải quan. Thay vào đó, người nộp thuế chỉ cần cung cấp thông tin liên quan để cơ quan hải quan khai thác.

Tình huống thực tế

Anh Minh, giám đốc một công ty xuất khẩu thủy sản tại Cần Thơ, chia sẻ: “Trước đây, mỗi lần xuất hàng, chúng tôi phải chuẩn bị rất nhiều bộ hồ sơ giấy, mất nhiều thời gian và dễ xảy ra sai sót. Từ khi áp dụng khai thuế điện tử theo Thông tư 121/2025/TT-BTC, mọi thứ trở nên nhanh chóng và chính xác hơn. Tuy nhiên, tôi vẫn phải rất cẩn thận khi nhập liệu, vì chỉ cần sai một chỉ tiêu là bị cơ quan hải quan yêu cầu giải trình.”

Lời khuyên từ luật sư

Để thực hiện đúng quy định và tránh rủi ro pháp lý, chúng tôi khuyến nghị quý khách:

1. Kiểm tra kỹ các chỉ tiêu thông tin theo Phụ lục II của Thông tư 121/2025/TT-BTC trước khi nộp hồ sơ điện tử.
2. Lưu trữ đầy đủ hồ sơ gốc tại doanh nghiệp để đối chiếu khi cơ quan hải quan yêu cầu.
3. Cập nhật thường xuyên các văn bản pháp luật mới, đặc biệt là các nghị định, thông tư sửa đổi liên quan.
4. Sử dụng dịch vụ tư vấn thuế chuyên nghiệp nếu quý khách mới tham gia hoạt động xuất nhập khẩu hoặc có khối lượng hàng hóa lớn.
5. Chủ động liên hệ cơ quan hải quan nếu có vướng mắc trong quá trình khai thuế để được hướng dẫn kịp thời.