Thuế thu hộ phí an ninh hàng không: Hướng dẫn mới từ Công văn 5344/CT-CS 2026

Trong quá trình hoạt động, các hãng hàng không trong nước và quốc tế thường được cơ quan nhà nước ủy quyền thu hộ một số khoản phí, lệ phí. Vậy các khoản thu hộ này có phải chịu thuế giá trị gia tăng (GTGT) và thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) hay không? Công văn số 5344/CT-CS ngày 29/7/2026 của Cục Thuế TP. Hà Nội đã có những hướng dẫn cụ thể về vấn đề này. Trong bài viết dưới đây, chúng tôi sẽ phân tích chi tiết để quý khách hàng là doanh nghiệp hàng không và các bên liên quan nắm rõ.

Công văn 5344/CT-CS 2026 do cơ quan nào ban hành và nội dung chính là gì?

Công văn số 5344/CT-CS được Phó Trưởng ban Phạm Thị Minh Hiền thay mặt Cục trưởng Cục Thuế TP. Hà Nội ký ban hành ngày 29 tháng 7 năm 2026. Văn bản này được ban hành để trả lời công văn số 15069/QLXNC-P2 của Cục Quản lý xuất nhập cảnh (Bộ Công an) về việc xác định nghĩa vụ thuế đối với khoản phí an ninh hàng không mà các hãng hàng không được ủy quyền thu hộ.

Văn bản tập trung giải đáp 3 nhóm vấn đề chính:

• Thứ nhất, xử lý thuế GTGT và hóa đơn, chứng từ đối với khoản thù lao thu hộ.
• Thứ hai, cách xác định doanh thu tính thuế TNDN cho khoản phí thu hộ.
• Thứ ba, cơ chế khấu trừ, kê khai, nộp thay thuế nhà thầu đối với hãng hàng không nước ngoài.

Khoản thù lao thu hộ phí an ninh hàng không có phải chịu thuế GTGT không?

Theo hướng dẫn tại Công văn 5344/CT-CS, trường hợp các hãng hàng không được Cục Quản lý xuất nhập cảnh ký văn bản ủy quyền thu hộ phí bảo đảm an ninh hàng không thông qua bán vé, phát hành chứng từ vận chuyển và được hưởng chi phí thu hộ, thì cần phân biệt rõ hai loại khoản tiền sau:

1. Khoản tiền phí thu hộ từ hành khách

Đây là số tiền phí bảo đảm an ninh hàng không mà hãng hàng không thu từ hành khách, sau đó chuyển vào tài khoản của Cục Quản lý xuất nhập cảnh. Khoản tiền này không được xác định là doanh thu tính thuế GTGT của hãng hàng không nếu có đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh là khoản thu hộ.

2. Khoản thù lao thu hộ (1,5% trên số tiền phí)

Căn cứ khoản 3 Điều 65 Nghị định số 215/2026/NĐ-CP ngày 18/6/2026 của Chính phủ về an ninh hàng không, hãng hàng không được hưởng mức chi phí thu hộ bằng 1,5% trên số tiền phí thu hộ. Khoản thù lao này được xác định là:

• Khoản thù lao từ cơ quan nhà nước, không liên quan đến hoạt động bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ của doanh nghiệp;
• Không tính vào giá tính thuế GTGT;
• Không phải lập hóa đơn GTGT cho khoản thu này.

Theo quy định tại khoản 1 Điều 14 Nghị định số 181/2025/NĐ-CP ngày 01/7/2025, giá tính thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ là giá bán chưa có thuế GTGT. Khoản thu hộ, chi hộ không phải là doanh thu của cơ sở kinh doanh nên không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.

Khoản phí an ninh hàng không thu hộ có tính vào doanh thu chịu thuế TNDN không?

Về thuế thu nhập doanh nghiệp, Công văn 5344/CT-CS phân biệt rõ hai trường hợp cụ thể sau:

Trường hợp 1: Khoản phí thu hộ chuyển nộp cho cơ quan nhà nước

Căn cứ Điều 2 và Điều 3 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 của Chính phủ hướng dẫn về Luật thuế TNDN, số tiền phí bảo đảm an ninh hàng không do hãng hàng không thu hộ và chuyển vào tài khoản của Cục Quản lý xuất nhập cảnh không xác định là doanh thu tính thuế TNDN của hãng hàng không, với điều kiện:

• Hãng hàng không có đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh đây là khoản thu hộ;
• Khoản thu này không phải là khoản thu mà hãng hàng không được hưởng.

Trường hợp 2: Khoản thù lao thu hộ 1,5%

Ngược lại, khoản thù lao thu hộ (1,5% trên số tiền phí) mà hãng hàng không được nhận từ Cục Quản lý xuất nhập cảnh được xác định là doanh thu từ hoạt động cung cấp dịch vụ để tính thuế TNDN theo quy định tại:

• Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025;
• Thông tư số 20/2026/TT-BTC ngày 12/3/2026 của Bộ Tài chính về thuế TNDN đối với doanh nghiệp nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam.

Cơ chế khấu trừ, kê khai, nộp thay thuế nhà thầu đối với hãng hàng không nước ngoài áp dụng thế nào?

Đối với các hãng hàng không nước ngoài được ủy quyền thu hộ phí, việc kê khai và nộp thuế TNDN được thực hiện theo quy định tại:

• Nghị định số 252/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Quản lý thuế (có hiệu lực từ 01/7/2026), cụ thể khoản 1 Điều 22;
• Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ Tài chính hướng dẫn về biểu mẫu, đăng ký, khai thuế đối với tổ chức nước ngoài.

Đáng chú ý, Cục Thuế TP. Hà Nội yêu cầu Cục Quản lý xuất nhập cảnh cung cấp thông tin cụ thể về các khoản thu nhập mà hãng hàng không nước ngoài thu được. Việc này nhằm làm cơ sở để:

• Xác định đối tượng áp dụng Hiệp định vận chuyển hàng không dân dụng;
• Xem xét áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế hai lần;
• Đảm bảo việc khấu trừ, kê khai, nộp thay thuế nhà thầu được thực hiện đúng quy định.

Những lưu ý quan trọng cho doanh nghiệp hàng không khi thực hiện thu hộ phí

Dựa trên nội dung Công văn 5344/CT-CS và các quy định pháp luật liên quan, chúng tôi đưa ra một số lưu ý quan trọng cho các hãng hàng không và doanh nghiệp có hoạt động thu hộ phí:

1. Lưu giữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh khoản thu hộ: văn bản ủy quyền, hợp đồng, biên bản đối soát, chứng từ chuyển tiền vào tài khoản của cơ quan nhà nước.
2. Hạch toán riêng biệt giữa khoản phí thu hộ (không tính vào doanh thu) và khoản thù lao thu hộ 1,5% (phải tính vào doanh thu chịu thuế TNDN).
3. Không phải lập hóa đơn GTGT cho khoản thù lao thu hộ từ cơ quan nhà nước, nhưng cần có chứng từ khác để ghi nhận khoản thu này.
4. Đối với hãng hàng không nước ngoài: cần xác định rõ cơ chế kê khai, nộp thuế theo quy định tại Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Thông tư 89/2026/TT-BTC, đồng thời chuẩn bị hồ sơ để được áp dụng Hiệp định tránh đánh thuế hai lần nếu đủ điều kiện.
5. Lưu ý thời điểm có hiệu lực: Nghị định 254/2026/NĐ-CP về hóa đơn điện tử có hiệu lực từ ngày 01/7/2026, Nghị định 252/2026/NĐ-CP về quản lý thuế cũng có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Câu hỏi thường gặp

Trên đây là toàn bộ nội dung tư vấn của chúng tôi về Công văn số 5344/CT-CS ngày 29/7/2026 của Cục Thuế TP. Hà Nội. Nếu quý khách hàng còn bất kỳ thắc mắc nào hoặc cần hỗ trợ pháp lý chi tiết về các vấn đề thuế liên quan, vui lòng liên hệ với chúng tôi để được tư vấn cụ thể theo từng trường hợp thực tế.