Hướng dẫn chi tiết Thông tư 90/2026/TT-BTC: 7 điểm mới về đăng ký thuế 2026

Ngày 15/7/2026, Cục Thuế đã ban hành Công văn 4862/CT-CS nhằm giới thiệu và hướng dẫn triển khai Thông tư 90/2026/TT-BTC về đăng ký thuế, có hiệu lực từ ngày 30/6/2026. Thông tư này thay thế Thông tư 86/2024/TT-BTC và mang đến nhiều thay đổi quan trọng mà mọi doanh nghiệp, hộ kinh doanh và cá nhân kinh doanh cần nắm rõ.

Trong bài viết này, chúng tôi sẽ phân tích chi tiết 7 điểm mới nổi bật của Thông tư 90/2026/TT-BTC, giúp bạn hiểu rõ quyền lợi và nghĩa vụ của mình khi thực hiện đăng ký thuế trong bối cảnh chuyển đổi số mạnh mẽ.

Thông tư 90/2026/TT-BTC thay đổi những gì về đối tượng đăng ký thuế?

Theo Điều 4 Thông tư 90/2026/TT-BTC, đối tượng đăng ký thuế được sửa đổi và bổ sung đáng kể so với Thông tư 86/2024/TT-BTC. Cụ thể:

• Tổ chức nước ngoài có doanh thu tại Việt Nam qua nền tảng thương mại điện tử (nhà cung cấp nước ngoài) – điểm d khoản 2 Điều 4.
• Cá nhân không cư trú kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử không có chức năng đặt hàng trực tuyến và thanh toán – điểm e khoản 2 Điều 4.
• Văn phòng điều hành dự án dầu khí – điểm i khoản 2 Điều 4.
• Người nộp thuế thuộc diện thuế tối thiểu toàn cầu theo Nghị quyết 107/2023/QH15 và Nghị định 236/2024/NĐ-CP – điểm o khoản 2 Điều 4.

Điểm mới quan trọng: Thông tư 90/2026/TT-BTC quy định chi tiết 4 nhóm đối tượng được khấu trừ và nộp thay thuế (điểm h khoản 2 Điều 4), bao gồm: doanh nghiệp khấu trừ thuế cho nhà thầu nước ngoài; tổ chức kinh doanh khấu trừ cho nhà cung cấp nước ngoài; chủ quản nền tảng thương mại điện tử có chức năng đặt hàng và thanh toán; doanh nghiệp khấu trừ cho cá nhân có hợp đồng hợp tác kinh doanh. Trong khi Thông tư 86/2024/TT-BTC chỉ quy định chung chung.

Cấu trúc mã số thuế thay đổi như thế nào theo Thông tư 90/2026/TT-BTC?

Theo Điều 5 Thông tư 90/2026/TT-BTC, điểm c khoản 2 bổ sung quy định về cấp mã số thuế cho các hệ thống đơn vị phụ thuộc nhiều cấp (từ tỉnh đến xã) với số lượng lớn hơn 1.000 đơn vị. Cụ thể:

• Mã số thuế 10 chữ số áp dụng cho các đơn vị phụ thuộc tại địa bàn cấp tỉnh.
• Mã số thuế 13 chữ số áp dụng cho các đơn vị phụ thuộc dưới địa bàn cấp tỉnh.
• Sau khi tổ chức lại đơn vị phụ thuộc, cấu trúc mã số thuế này vẫn được tiếp tục áp dụng.

Điểm mới nữa: Bổ sung quy định tại điểm e khoản 2 Điều 5 về việc kê khai bổ sung thông tin hợp đồng nhà thầu nước ngoài thông qua mẫu BK04.1-ĐKT khi phát sinh thêm hợp đồng mới.

Thủ tục đăng ký thuế điện tử thay đổi ra sao?

Điều 6 Thông tư 90/2026/TT-BTC bổ sung hai hình thức nộp hồ sơ đăng ký thuế mới:

• Qua Cổng Dịch vụ công quốc gia hoặc ứng dụng định danh quốc gia.
• Qua Hệ thống thông tin quản lý thuế của cơ quan thuế.
• Hồ sơ điện tử phải được xác thực điện tử, bao gồm thông tin sinh trắc học theo quy định của Chính phủ.

Tình huống thực tế: Anh Minh, chủ một doanh nghiệp vừa và nhỏ tại Hà Nội, thường mất 2-3 ngày để đến cơ quan thuế nộp hồ sơ đăng ký thuế. Từ ngày 30/6/2026, anh có thể thực hiện toàn bộ quy trình qua Cổng Dịch vụ công quốc gia chỉ trong 30 phút, với xác thực qua ứng dụng định danh quốc gia.

Theo đánh giá của các chuyên gia pháp lý, việc bổ sung xác thực sinh trắc học giúp tăng cường bảo mật và giảm thiểu rủi ro gian lận trong đăng ký thuế, đặc biệt đối với các giao dịch điện tử có giá trị lớn.

Thủ tục đăng ký thuế lần đầu cho tổ chức có gì mới?

Điều 7 Thông tư 90/2026/TT-BTC mang đến một số thay đổi quan trọng:

• Bổ sung Bảng kê chủ sở hữu pháp lý (mẫu BK07-ĐKT) cho chi nhánh, văn phòng đại diện của công ty nước ngoài.
• Thay đổi địa điểm nộp hồ sơ: Tổ chức theo hệ thống ngành dọc hoạt động tại cấp xã nộp hồ sơ tại Thuế cơ sở (thay vì Thuế tỉnh như trước).
• Miễn nộp quyết định thành lập nếu thuộc danh mục bí mật nhà nước, chỉ cần văn bản cung cấp thông tin.
• Cấp Giấy chứng nhận đăng ký thuế điện tử có ký số, có giá trị tương đương bản giấy, và bỏ quy định cấp lại khi mất, rách, nát.

Thay đổi thông tin đăng ký thuế: Người nộp thuế không cần hoàn thành nghĩa vụ trước khi chuyển trụ sở?

Theo Điều 9 và Điều 10 Thông tư 90/2026/TT-BTC:

• Địa điểm nộp hồ sơ thay đổi: Nộp tại Thuế cơ sở nơi đóng trụ sở mới (thay vì Thuế tỉnh như trước).
• Bỏ điều kiện hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi chuyển địa điểm. Cơ quan thuế không còn yêu cầu người nộp thuế phải hoàn thành nghĩa vụ với cơ quan thuế nơi chuyển đi.
• Kiểm tra tại trụ sở: Trong 2 ngày làm việc, cơ quan thuế thông báo nếu thuộc diện phải kiểm tra (theo mẫu 42/TB-ĐKT), dựa trên quy định quản lý rủi ro tại Luật số 108/2025/QH15.

Điểm mới so với Thông tư 86/2024/TT-BTC: Trước đây, người nộp thuế phải hoàn thành nghĩa vụ thuế trước khi chuyển địa điểm, và chưa có quy định về thông báo kiểm tra. Nay quy trình được đơn giản hóa, chỉ kiểm tra đối với trường hợp rủi ro cao.

Chấm dứt hiệu lực mã số thuế: Những trường hợp mới nào được bổ sung?

Điều 13 Thông tư 90/2026/TT-BTC bổ sung các trường hợp chấm dứt hiệu lực mã số thuế mới:

• Tổ chức là chủ quản nền tảng thương mại điện tử khi không còn chức năng đặt hàng trực tuyến và thanh toán (điểm g khoản 2 Điều 13).
• Nhà cung cấp nước ngoài khi chấm dứt hoạt động kinh doanh tại Việt Nam (điểm h khoản 2 Điều 13).
• Bỏ quy định doanh nghiệp phải nộp hồ sơ chấm dứt hoạt động đến cơ quan thuế trước khi nộp tại cơ quan đăng ký kinh doanh (khoản 5 Điều 13).
• Bổ sung quy định về thời hạn 180 ngày: Nếu quá 180 ngày kể từ ngày cơ quan thuế nhận được quyết định giải thể mà chưa nhận được giao dịch từ cơ quan đăng ký kinh doanh, sẽ xử lý theo quy định mới.

Lời khuyên từ luật sư dành cho người nộp thuế

1. Chuẩn bị hồ sơ điện tử: Từ ngày 30/6/2026, hãy ưu tiên nộp hồ sơ qua Cổng Dịch vụ công quốc gia để tiết kiệm thời gian và chi phí đi lại. Đảm bảo có tài khoản định danh điện tử và thiết bị xác thực sinh trắc học.
2. Kiểm tra đối tượng đăng ký thuế: Nếu bạn là tổ chức nước ngoài hoặc cá nhân không cư trú kinh doanh trên nền tảng thương mại điện tử, hãy liên hệ ngay với cơ quan thuế để đăng ký mã số thuế theo quy định mới.
3. Lưu ý về thay đổi thông tin: Khi chuyển địa điểm trụ sở, bạn không cần hoàn thành nghĩa vụ thuế trước, nhưng hãy chuẩn bị sẵn sàng cho việc kiểm tra nếu thuộc diện rủi ro cao.
4. Quản lý mã số thuế 13 chữ số: Nếu hệ thống của bạn có trên 1.000 đơn vị phụ thuộc, hãy làm việc với cơ quan thuế để áp dụng cấu trúc mã số thuế mới.
5. Theo dõi thời hạn 180 ngày: Đối với doanh nghiệp đã có thông báo hoàn thành nghĩa vụ thuế nhưng chưa giải thể, hãy đảm bảo hoàn tất thủ tục trong thời hạn này để tránh rủi ro pháp lý.

Câu hỏi thường gặp về Thông tư 90/2026/TT-BTC

Trên đây là toàn bộ nội dung tư vấn về 7 điểm mới của Thông tư 90/2026/TT-BTC theo Công văn 4862/CT-CS. Nếu bạn còn thắc mắc hoặc cần hỗ trợ chi tiết về thủ tục đăng ký thuế, đừng ngần ngại để lại bình luận hoặc liên hệ với chúng tôi qua số hotline để được tư vấn trực tiếp.