Thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất (DNCX) năm 2026: Công văn 11594/CHQ-GSQL giải đáp chi tiết

Quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa doanh nghiệp chế xuất (DNCX) và thị trường nội địa luôn là vấn đề pháp lý phức tạp, đòi hỏi sự tuân thủ chặt chẽ các quy định về thuế và hải quan. Công văn 11594/CHQ-GSQL ngày 11/02/2026 của Cục Hải quan vừa ban hành đã có những giải đáp quan trọng, giúp doanh nghiệp tháo gỡ vướng mắc trong quá trình thực hiện. Trong bài viết này, chúng tôi sẽ phân tích chi tiết nội dung công văn, các căn cứ pháp lý liên quan và những lưu ý thực tiễn cho doanh nghiệp.

Công văn 11594/CHQ-GSQL 2026 hướng dẫn điều gì cho doanh nghiệp chế xuất?

Công văn số 11594/CHQ-GSQL do Cục Hải quan ban hành ngày 11/02/2026 nhằm trả lời công văn số 001/TTHQ-HSGW ngày 26/01/2026 của Công ty TNHH Hasegawa Việt Nam về thủ tục hải quan xuất nhập hàng hóa giữa DNCX và chi nhánh phụ thuộc.

Theo đó, Cục Hải quan xác định rõ: hàng hóa mua, bán giữa khu vực phi thuế quan của DNCX với các khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam, không phải là khu phi thuế quan, là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu và phải thực hiện thủ tục hải quan theo quy định.

Căn cứ pháp lý nào được áp dụng trong Công văn 11594/CHQ-GSQL?

Việc xác định quan hệ xuất nhập khẩu của DNCX được dựa trên các quy định pháp luật sau:

• Khoản 1 Điều 4 Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 107/2016/QH13 ngày 06/4/2016: quy định “quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa khu phi thuế quan với bên ngoài là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu”.
• Khoản 4, khoản 11 Điều 26 Nghị định số 35/2022/NĐ-CP ngày 28/5/2022: quy định quan hệ trao đổi hàng hóa giữa DNCX với các khu vực khác trên lãnh thổ Việt Nam (không phải khu phi thuế quan) là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu, trừ một số trường hợp ngoại lệ.
• Khoản 3 Điều 75 Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015, được sửa đổi, bổ sung tại khoản 51 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 và khoản 46 Điều 1 Thông tư số 121/2025/TT-BTC ngày 18/12/2025: quy định chi tiết thủ tục hải quan đối với hàng hóa mua, bán, thuê mượn giữa DNCX với doanh nghiệp nội địa.

Theo đánh giá của các chuyên gia pháp lý tại Luật Việt Nam, việc Cục Hải quan ban hành công văn hướng dẫn là hết sức kịp thời, giúp doanh nghiệp chế xuất hiểu rõ hơn về nghĩa vụ tuân thủ khi thực hiện giao dịch với thị trường nội địa.

Doanh nghiệp chế xuất bán hàng vào nội địa có phải nộp thuế không?

Theo khoản 11 Điều 26 Nghị định 35/2022/NĐ-CP, DNCX được phép bán hàng hóa vào thị trường nội địa. Tuy nhiên, hàng hóa nhập khẩu từ doanh nghiệp chế xuất, khu chế xuất vào thị trường trong nước sẽ thuộc đối tượng chịu thuế theo quy định của pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

Điều này có nghĩa là khi DNCX bán hàng vào nội địa, doanh nghiệp (hoặc bên mua) sẽ phải kê khai và nộp thuế nhập khẩu theo quy định, đồng thời phải thực hiện đầy đủ thủ tục hải quan.

Thủ tục hải quan cụ thể cho DNCX khi giao dịch với doanh nghiệp nội địa

Căn cứ khoản 3 Điều 75 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung), thủ tục hải quan đối với hàng hóa mua, bán giữa DNCX và doanh nghiệp nội địa được thực hiện như sau:

1. Hàng hóa xuất khẩu từ DNCX vào nội địa: Doanh nghiệp nội địa (bên mua) hoặc DNCX (bên bán) phải làm thủ tục hải quan theo loại hình nhập khẩu tại Chi cục Hải quan quản lý DNCX hoặc Chi cục Hải quan nơi doanh nghiệp nội địa đóng trụ sở.
2. Hàng hóa nhập khẩu từ nội địa vào DNCX: Thực hiện thủ tục hải quan theo loại hình xuất khẩu tại Chi cục Hải quan nơi quản lý DNCX.
3. Hồ sơ hải quan: Thực hiện theo quy định tại Điều 16, Điều 17 Thông tư 38/2015/TT-BTC và các văn bản sửa đổi, bổ sung liên quan.

Tình huống thực tế: Doanh nghiệp chế xuất có chi nhánh phụ thuộc

Công ty TNHH Hasegawa Việt Nam (DNCX) đặt tại KCN Điện Nam – Điện Ngọc, thành phố Đà Nẵng đã gửi công văn hỏi Cục Hải quan về việc xuất nhập hàng hóa giữa DNCX và chi nhánh phụ thuộc. Theo hướng dẫn tại Công văn 11594, nếu chi nhánh phụ thuộc không nằm trong khu phi thuế quan (tức là nằm ở khu vực nội địa thông thường), thì quan hệ mua bán giữa DNCX và chi nhánh này sẽ được xem là quan hệ xuất khẩu, nhập khẩu và phải thực hiện thủ tục hải quan, kê khai thuế đầy đủ.

Những lưu ý quan trọng và lời khuyên từ luật sư

Dựa trên nội dung Công văn 11594/CHQ-GSQL và các quy định pháp luật liên quan, chúng tôi đưa ra một số lưu ý quan trọng cho doanh nghiệp chế xuất:

1. Xác định đúng tư cách pháp lý: Doanh nghiệp cần xác định rõ chi nhánh, cơ sở sản xuất của mình có nằm trong khu phi thuế quan hay không. Nếu không, mọi giao dịch hàng hóa với các khu vực này đều được coi là xuất nhập khẩu.
2. Tuân thủ quy định về thuế: Hàng hóa bán từ DNCX vào nội địa thuộc đối tượng chịu thuế. Doanh nghiệp cần tính toán, dự trù chi phí thuế để đảm bảo hiệu quả kinh doanh.
3. Thực hiện đúng thủ tục hải quan: Không được bỏ qua thủ tục hải quan khi có giao dịch với khu vực nội địa. Việc này có thể dẫn đến xử phạt vi phạm hành chính theo quy định tại Nghị định 128/2020/NĐ-CP về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan.
4. Cập nhật văn bản mới: Thông tư 121/2025/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 18/12/2025 đã sửa đổi nhiều nội dung liên quan. Doanh nghiệp cần cập nhật để áp dụng đúng và kịp thời.
5. Tham vấn chuyên gia: Trong trường hợp có vướng mắc, doanh nghiệp nên gửi công văn hỏi cơ quan hải quan hoặc tham vấn luật sư chuyên ngành để được hướng dẫn cụ thể, tránh rủi ro pháp lý.

Câu hỏi thường gặp

Việc tuân thủ đúng các quy định về thủ tục hải quan không chỉ giúp doanh nghiệp chế xuất tránh được các rủi ro pháp lý, chi phí phạt không đáng có mà còn đảm bảo hoạt động sản xuất, kinh doanh được thông suốt và hiệu quả. Nếu quý khách còn bất kỳ vướng mắc nào về thủ tục hải quan cho doanh nghiệp chế xuất, xin vui lòng liên hệ với chúng tôi để được tư vấn chi tiết.