Hoàn thuế GTGT hàng mua nội địa xuất khẩu: Quy định mới tại Công văn 5866/CT-CS

Tóm tắt cốt lõi: Theo Công văn 5866/CT-CS, doanh nghiệp mua hàng từ doanh nghiệp nội địa (không trực tiếp nhập khẩu) rồi xuất khẩu thì không thuộc trường hợp bị cấm hoàn thuế theo điểm a khoản 6 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP. Tuy nhiên, cơ quan thuế vẫn sẽ rà soát hồ sơ thực tế để xác minh tính hợp lệ.

Cụ thể, Công ty TNHH Imarket Việt Nam đã có văn bản số 38/2026/CV-IMV ngày 15/6/2026 gửi Cục Thuế Hà Nội nêu rõ: Công ty không trực tiếp nhập khẩu hàng hóa mà mua từ doanh nghiệp trong nội địa, sau đó mới xuất khẩu. Câu hỏi đặt ra là trường hợp này có bị vướng quy định cấm hoàn thuế tại Nghị định số 100/2016/NĐ-CP hay không.

Căn cứ pháp lý: Quy định nào đang được áp dụng?

Căn cứ pháp lý chính được Cục Thuế viện dẫn là khoản 6, Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ. Nghị định này sửa đổi, bổ sung Nghị định số 209/2013/NĐ-CP (được sửa đổi bởi Nghị định 12/2015/NĐ-CP) quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng.

Theo quy định tại Điều 10 được sửa đổi, bổ sung, các đối tượng sau đây không được hoàn thuế GTGT:

“Cơ sở kinh doanh không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật Hải quan và các văn bản hướng dẫn.”

Đáng chú ý, quy định cấm hoàn thuế này chỉ áp dụng với trường hợp doanh nghiệp trực tiếp nhập khẩu hàng hóa rồi sau đó mới xuất khẩu. Trong khi đó, Công ty Imarket Việt Nam xác nhận mua hàng từ doanh nghiệp nội địa, tức là không thuộc trường hợp bị cấm hoàn thuế nêu trên.

Ý kiến của Cục Thuế về trường hợp của Công ty Imarket Việt Nam

Trong Công văn 5866/CT-CS, Cục Thuế đã đưa ra hướng xử lý như sau:

1. Xác nhận căn cứ pháp lý: Trường hợp cơ sở kinh doanh nhập khẩu sau đó xuất khẩu hàng hóa thì không được hoàn thuế GTGT.
2. Ghi nhận tình tiết khác biệt: Công ty Imarket Việt Nam nêu rõ không trực tiếp nhập khẩu mà mua hàng từ doanh nghiệp nội địa.
3. Phân công xử lý: Đề nghị Thuế thành phố Hà Nội rà soát hồ sơ thực tế để xem xét giải quyết theo quy định và thẩm quyền.
4. Yêu cầu báo cáo: Chi cục Thuế phải báo cáo kết quả giải quyết vướng mắc của Công ty gửi Cục Thuế trước ngày 28/8/2026.

Phân tích: Doanh nghiệp mua hàng nội địa xuất khẩu có được hoàn thuế GTGT không?

Từ nội dung công văn, chúng tôi đưa ra đánh giá pháp lý như sau:

Thứ nhất, về nguyên tắc, trường hợp của Công ty Imarket Việt Nam không thuộc đối tượng bị cấm hoàn thuế. Quy định tại khoản 6 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP chỉ nhắm đến hành vi “nhập khẩu sau đó xuất khẩu”. Việc mua hàng hóa từ doanh nghiệp nội địa (hàng hóa sản xuất trong nước hoặc đã được nhập khẩu hợp pháp bởi một doanh nghiệp khác) sau đó xuất khẩu là một giao dịch thương mại bình thường, được khuyến khích.

Thứ hai, doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng các điều kiện chung để được hoàn thuế GTGT. Cụ thể, Công ty phải có hồ sơ, chứng từ chứng minh việc mua hàng nội địa hợp pháp (hóa đơn GTGT, hợp đồng mua bán, chứng từ thanh toán qua ngân hàng…) và chứng từ chứng minh việc xuất khẩu (hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan, chứng từ vận tải…).

Thứ ba, cơ quan thuế có thẩm quyền kiểm tra, rà soát hồ sơ thực tế. Trong trường hợp hồ sơ không đầy đủ hoặc có dấu hiệu gian lận, cơ quan thuế có quyền từ chối hoàn thuế.

Tình huống thực tế: Bài học kinh nghiệm cho doanh nghiệp

Hãy xem xét tình huống của một doanh nghiệp xuất khẩu giày da tại TP. Hồ Chí Minh. Doanh nghiệp này mua nguyên liệu da từ một công ty trong Khu công nghiệp (không phải nhà nhập khẩu trực tiếp), sản xuất giày và xuất khẩu sang EU. Khi làm thủ tục hoàn thuế GTGT cho số nguyên liệu đầu vào, cơ quan thuế đã yêu cầu doanh nghiệp cung cấp thêm:

• Hợp đồng mua bán nguyên liệu với nhà cung cấp nội địa
• Biên bản giao nhận hàng hóa
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng cho nhà cung cấp
• Hợp đồng xuất khẩu và tờ khai hải quan hàng xuất

Sau khi doanh nghiệp xuất trình đầy đủ các chứng từ trên, cơ quan thuế đã chấp thuận hoàn thuế. Điều này cho thấy, việc mua hàng nội địa xuất khẩu vẫn được hoàn thuế GTGT nếu chứng từ đầy đủ, hợp lệ.

Lời khuyên từ luật sư

Dựa trên nội dung Công văn 5866/CT-CS và các quy định pháp luật liên quan, chúng tôi đưa ra khuyến nghị cho quý khách:

1. Chuẩn bị hồ sơ pháp lý đầy đủ, chặt chẽ: Gồm hợp đồng, hóa đơn GTGT đầu vào (đã kê khai), chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, tờ khai hải quan xuất khẩu, hợp đồng ngoại thương, chứng từ vận tải (nếu có).
2. Đảm bảo hàng hóa xuất khẩu thực hiện tại địa bàn hoạt động hải quan: Theo quy định tại Nghị định 100/2016/NĐ-CP, hàng hóa xuất khẩu phải thực hiện thủ tục tại địa bàn hoạt động hải quan (cửa khẩu, cảng biển, sân bay quốc tế…) theo Luật Hải quan.
3. Kê khai thuế GTGT đầu vào đúng quy định: Hàng hóa mua vào phải được kê khai, khấu trừ trên tờ khai thuế GTGT của kỳ phát sinh trước khi thực hiện hoàn thuế.
4. Phân biệt với trường hợp mua đi bán lại: Nếu doanh nghiệp mua hàng từ một doanh nghiệp nhập khẩu (không phải nhà sản xuất) rồi bán đi, cần lưu ý đến quy định chống gian lận hoàn thuế.
5. Theo dõi các văn bản hướng dẫn mới: Nghị định 100/2016/NĐ-CP đã có hiệu lực từ lâu, nhưng các văn bản hướng dẫn liên quan đến hoàn thuế GTGT có thể được bổ sung, sửa đổi. Quý khách nên cập nhật thường xuyên.

Theo đánh giá của các chuyên gia pháp lý, Công văn 5866/CT-CS là một tín hiệu tích cực, thể hiện sự linh hoạt của cơ quan thuế trong việc xem xét hoàn thuế cho doanh nghiệp mua hàng nội địa xuất khẩu. Tuy nhiên, doanh nghiệp cần lưu ý rằng cơ quan thuế có quyền yêu cầu giải trình, bổ sung hồ sơ, thậm chí là thanh tra, kiểm tra nếu nghi ngờ có dấu hiệu gian lận.

Câu hỏi thường gặp