Thủ tục hải quan hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ theo Luật Hải quan 2025: Bạn cần biết gì?

Kính thưa quý khách hàng, doanh nghiệp,

Trong quá trình hoạt động xuất nhập khẩu, đặc biệt là đối với các giao dịch hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ, nhiều doanh nghiệp gặp không ít khó khăn về thủ tục hải quan và các vấn đề liên quan đến thuế GTGT. Với tư cách là luật sư tư vấn pháp lý, chúng tôi xin phân tích và hướng dẫn chi tiết về thủ tục này theo Công văn 18761/CHQ-GSQL ngày 13/7/2026 của Cục Hải quan, nhằm giúp quý doanh nghiệp nắm rõ quyền lợi và nghĩa vụ của mình.

Công văn 18761/CHQ-GSQL 2026 quy định vấn đề gì về thủ tục hải quan xuất nhập khẩu tại chỗ?

Công văn 18761 do Cục Hải quan ban hành ngày 13/7/2026, trả lời kiến nghị của Hiệp hội doanh nghiệp Hàn Quốc tại Việt Nam. Nội dung chính tập trung vào việc xác định thủ tục hải quan áp dụng cho hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ, đặc biệt là các tờ khai đã đăng ký trước ngày Luật số 90/2025/QH15 có hiệu lực. Văn bản này không chỉ làm rõ quy định chuyển tiếp mà còn hướng dẫn chi tiết cách xử lý các tình huống cụ thể.

Thủ tục hải quan đối với tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ chưa hoàn thành thủ tục trước ngày 01/7/2025

Theo quy định tại khoản 3 Điều 10 Luật số 90/2025/QH15 về sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Hải quan: “Hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ thuộc tờ khai hải quan đã đăng ký nhưng chưa hoàn thành thủ tục hải quan trước thời điểm Luật này có hiệu lực thi hành được áp dụng quy định tại khoản 3 Điều 3 của Luật này.”

Cụ thể, nếu doanh nghiệp bạn đã đăng ký tờ khai hải quan cho hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ trước ngày 01/7/2025 nhưng chưa hoàn tất các thủ tục (chẳng hạn như chưa thông quan, chưa nộp thuế, chưa kiểm hóa…), thì từ ngày Luật có hiệu lực, bạn phải áp dụng quy định mới theo khoản 3 Điều 3 Luật 90/2025/QH15. Quy định này có thể thay đổi về điều kiện, thủ tục hoặc cách xác định hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ so với trước đây.

Tình huống thực tế

Giả sử doanh nghiệp A ký hợp đồng gia công hàng hóa với đối tác Hàn Quốc, hàng hóa được giao trực tiếp trong nước (không qua cửa khẩu). Doanh nghiệp A đã đăng ký tờ khai hải quan vào ngày 20/6/2025 nhưng đến ngày 05/7/2025 mới hoàn tất thủ tục thông quan. Trong trường hợp này, tờ khai này thuộc diện “đã đăng ký nhưng chưa hoàn thành thủ tục” trước ngày 01/7/2025, do đó phải áp dụng quy định mới của Luật 90/2025/QH15.

Thủ tục hải quan đối với tờ khai đã hoàn thành thủ tục trước ngày 01/7/2025

Đối với các tờ khai đã hoàn thành thủ tục hải quan (tức là đã được thông quan, hoặc đã nộp thuế, hoặc đã hoàn tất kiểm tra…) trước ngày 01/7/2025, cơ quan hải quan sẽ thực hiện thủ tục theo các văn bản pháp luật cũ, bao gồm:

• Nghị định số 08/2015/NĐ-CP ngày 21/01/2015 của Chính phủ quy định chi tiết và biện pháp thi hành Luật Hải quan về thủ tục hải quan, kiểm tra, giám sát hải quan.
• Thông tư số 38/2015/TT-BTC ngày 25/3/2015 của Bộ trưởng Bộ Tài chính quy định về thủ tục hải quan; kiểm tra, giám sát hải quan; thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và quản lý thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu.
• Thông tư số 39/2018/TT-BTC ngày 20/4/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 38/2015/TT-BTC.

Tình huống thực tế

Doanh nghiệp B đăng ký tờ khai xuất nhập khẩu tại chỗ vào ngày 15/6/2025 và đã được thông quan vào ngày 25/6/2025. Trong trường hợp này, tờ khai đã hoàn thành thủ tục trước ngày 01/7/2025, nên mọi thủ tục liên quan (như kiểm tra sau thông quan, hoàn thuế, xử lý vi phạm…) đều áp dụng theo các văn bản cũ nêu trên.

Vấn đề thuế GTGT 0% đối với giao dịch xuất nhập khẩu tại chỗ

Một trong những nội dung quan trọng của Công văn 18761 là đề cập đến vướng mắc về áp dụng mức thuế suất thuế GTGT 0% đối với giao dịch xuất nhập khẩu tại chỗ. Tuy nhiên, Cục Hải quan khẳng định rằng vấn đề này thuộc thẩm quyền của cơ quan thuế nội địa (Cục Thuế, Tổng cục Thuế). Do đó, nếu doanh nghiệp bạn muốn được hưởng thuế suất 0% cho các giao dịch này, bạn cần:

• Liên hệ trực tiếp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp (thường là Cục Thuế tỉnh/thành phố nơi doanh nghiệp đặt trụ sở chính).
• Chuẩn bị hồ sơ chứng minh giao dịch thuộc đối tượng áp dụng thuế suất 0% theo quy định của Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn.
• Xin văn bản hướng dẫn hoặc giải đáp chính thức từ cơ quan thuế.

Theo đánh giá của các chuyên gia pháp lý, việc Cục Hải quan từ chối giải quyết vấn đề thuế GTGT là hoàn toàn đúng thẩm quyền, vì lĩnh vực thuế nội địa thuộc chức năng của cơ quan thuế. Doanh nghiệp cần chủ động liên hệ với cơ quan có thẩm quyền để tránh rủi ro về thuế.

Hướng dẫn chi tiết thủ tục hải quan xuất nhập khẩu tại chỗ theo Luật 90/2025/QH15

Để giúp quý doanh nghiệp thực hiện đúng thủ tục, chúng tôi xin tóm tắt các bước cơ bản khi thực hiện thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại chỗ theo quy định mới:

1. Xác định hàng hóa thuộc diện xuất nhập khẩu tại chỗ: Hàng hóa được giao nhận trong lãnh thổ Việt Nam nhưng có hợp đồng mua bán với thương nhân nước ngoài, hoặc hàng hóa gia công, sản xuất xuất khẩu.
2. Đăng ký tờ khai hải quan: Doanh nghiệp thực hiện khai báo trên hệ thống hải quan điện tử (VNACCS/VCIS), chọn loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ.
3. Chuẩn bị hồ sơ hải quan: Gồm hợp đồng mua bán, hóa đơn thương mại, phiếu đóng gói, vận đơn (nếu có), giấy phép xuất nhập khẩu (nếu hàng hóa thuộc diện quản lý đặc biệt).
4. Thông quan hàng hóa: Sau khi kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế (nếu có), cơ quan hải quan sẽ thông quan hàng hóa.
5. Nộp thuế và các nghĩa vụ tài chính: Doanh nghiệp phải nộp thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu (nếu có) và thuế GTGT (nếu không được áp dụng thuế suất 0%).

Lưu ý: Theo Công văn 18761, các tờ khai đã đăng ký trước ngày 01/7/2025 nhưng chưa hoàn thành thủ tục sẽ áp dụng quy định mới. Do đó, doanh nghiệp cần kiểm tra kỹ tình trạng tờ khai của mình để xác định đúng quy định áp dụng.

Lời khuyên từ luật sư

Để tránh rủi ro pháp lý và tối ưu hóa quyền lợi, chúng tôi khuyến nghị quý doanh nghiệp thực hiện các bước sau:

1. Rà soát toàn bộ tờ khai hải quan đã đăng ký trước ngày 01/7/2025 để xác định tờ khai nào đã hoàn thành thủ tục, tờ khai nào chưa hoàn thành. Từ đó, xác định quy định pháp luật áp dụng cho từng tờ khai.
2. Liên hệ ngay với cơ quan thuế nội địa để được hướng dẫn về áp dụng thuế suất thuế GTGT 0% đối với giao dịch xuất nhập khẩu tại chỗ. Cần chuẩn bị hồ sơ đầy đủ gồm hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán.
3. Cập nhật quy trình nội bộ về thủ tục hải quan để phù hợp với Luật 90/2025/QH15. Đặc biệt, các bộ phận xuất nhập khẩu cần được đào tạo về quy định mới.
4. Tham khảo ý kiến luật sư hoặc chuyên gia hải quan trước khi thực hiện các giao dịch phức tạp, đặc biệt là các giao dịch liên quan đến nhiều bên hoặc hàng hóa đặc thù.
5. Lưu trữ hồ sơ đầy đủ bao gồm công văn, quyết định, tờ khai để phục vụ cho việc kiểm tra sau thông quan hoặc khi có tranh chấp.